Спустя десятилетия поисков, тёмная материя остаётся малоизученной частью Вселенной.

Правильно
Спустя десятилетия поисков тёмная материя остаётся малоизученной частью Вселенной.

Почему
Спустя напоминает деепричастие, но это отглагольный предлог, и обороты с ним обособлять не надо. Так можно сделать, если хочется выделить их интонационно и подчеркнуть смысл. В нашем примере в этом нет необходимости.

Однако конструкция с предлогом спустя обязательно обособляется, если стоит между подлежащим и сказуемым. В этом случае сам порядок слов способствует выделению: Тёмная материя, спустя десятилетия поисков, остаётся малоизученной частью Вселенной.