Было тихо, и уютно, и приятно пахло выпечкой.

Правильно
Было тихо и уютно, и приятно пахло выпечкой.

Почему
На первый взгляд кажется, что перед нами повторяющийся союз «и» при однородных обстоятельствах (тихо, и уютно, и приятно). Но на самом деле это немного другой случай.

Первый союз «и» соединяет однородные части составного сказуемого (было тихо и уютно), а второй — присоединяет часть сложного предложения (и приятно пахло выпечкой).