Осталось оплатить счёт и можно забирать заказ.

Правильно
Осталось оплатить счёт, и можно забирать заказ.

Почему
В нашем примере мы имеем дело со сложносочинённым предложением с союзом «и». Обе его части — безличные предложения. Это один из тех случаев, когда запятая может отсутствовать. Но тогда необходимо ещё одно условие: сказуемые в двух частях должны стоять в одинаковой форме. А у нас в примере не так. Сравните: Счёт оплатили и заказ подготовили для выдачи.