Она была «королевой» флирта.

Правильно
Она была королевой флирта.

Почему
Одно из устоявшихся значений слова «королева» — та, что достигла совершенства в чём-либо. Оно фиксируется словарями, а значит, кавычки не нужны. То же относится и к королю: Он был королём флирта.