В конечном счёте, не так важно название корабля.

Правильно
В конечном счёте не так важно название корабля.

Почему
По значению словосочетание «в конечном счёте» легко спутать со словосочетанием «в конце концов», которое бывает вводным. Но нет, «в конечном счёте» — это наречное выражение, вводным оно никогда не выступает и запятыми не отделяется. Так же, как и его товарищи-синонимы «в итоге» и «в конечном итоге».