بنابراین نهادی که یک قرن قبل با اجازه امپراتور تأسيس شده بود حالا به میدان جنگ و نزاع نهاد سیاست و نهاد دین تبدیل شده بود. طبیعی بود که کلیسا هرگز مایل به عقب‌نشینی نبود و همواره می‌خواست دانشگاه را تحت سلطه و نفوذ خود نگه دارد هرچند دانشکده حقوق به سمت نهاد سیاست متمایل شده بود.
این جدال در دراز مدت به نفع دانشگاه تمام شد زیرا می‌توانست در کشاکش رقابت دولت و کلیسا مجالی برای نهادسازی و توسعه خود به دست آورد.
ماحوزی افزود: در نتیجه این نزاع‌ها و افول دانشگاه در انتهای قرن ۱۴ و ابتدای قرن ۱۵، زعمای دانشگاه تصمیم گرفتند روحیه آگوستینی- دومنیکنی دانشکده الهیات را حفظ کنند و عقلانیت پیشنهادی توماس آکوئیناسی را در دانشکده جدیدی به نام دانشکده فلسفه دنبال کنند؛ دانشکده‌ای برای تنظیم و تنسیق و راهنمای عمل دانشکده‌های الهیات و حقوق. به زعم مدیران دانشگاه در قرن پانزدهم، دانشکده فلسفه می‌تواند عقل گرایی و ایمان گرایی و تعادل و هماهنگی آن دو را زنده نگه دارد. مقرر بود این تعادل، نظام‌های حقوقی را در سرزمین‌های خودمختار جدید پشتیبانی کند و مانع از رشد فرقه‌گرایی عرفانی و الحاد دینی شود. بنابراین طی ۳۰۰ سال دانشگاه پنج موج آگوستینی، ابن‌رشدی، توماسی، ضدتوماسی و در نهایت بازگشت به توماس‌گرایی و تأسيس دانشکده فلسفه را پشت سر گذاشت. اما در این ۳۰۰ سال، منابع علمی و فلسفی جریان توماسی از چه راه‌هایی به دست مدرسان پاریسی دانشکده الهیات و دانشکده بعدی فلسفه رسید؟ و این مدرسان منابع علمی خود را از کجا به دست می‌آوردند؟
از آنجا که تأسیس دانشکده الهیات و فلسفه با منش توماسی در این سه قرن نیازمند منابع و متن‌های دقیق فارابی و ابن‌سینا بود باید دانست که کتاب‌ها و شروح و تفاسیر این دو فیلسوف چگونه به دست مدرسان پاریسی دانشکده‌های الهیات و فلسفه می‌رسید.
عضو هیئت علمی موسسه مطالعات فرهنگی و اجتماعی با بیان اینکه اولین مکانی که باعث انتقال دانش مسلمانان به اروپا شد شهر بغداد به‌عنوان پایتخت علمی و فرهنگی روزگار خود بود گفت: بغداد قرون یازده تا سیزده میلادی مسافران زیادی را می‌پذیرفت و در این شهر یهودی‌ها و مسیحی‌های زیادی با مسلمانان در ارتباط بودند. در این شهر فارابی لزومی نمی‌دید خیلی به دردسر بیفتد تا استادان مسلمان و غیرمسلمان موردنیازش را بیابد و یا شاگردانی مسلمان و غیرمسلمان داشته باشد. ارتباط علمی بین شهرهای حوزه بین‌النهرین باعث شده بود که یهودی‌ها و مسیحیان زبان عربی را فرا بگیرندو حتی به این زبان کتابت کنند. از سوی دیگر در اسپانیا دو مرکز علمی و دارالترجمه وجود داشتند که در این دو شهر برخی از دانشمندان یهودی بودند و زبان‌های چندگانه‌ای را می‌دانستند.
ماحوزی با اشاره به الگوی شایع مهاجرت علما گفت: در نتیجه جنگ‌های صلیبی برخی از علما و کتابخانه‌ها از سرزمینی به سرزمین دیگر کوچ کردند که این خود سبب جابجایی‌های علمی گسترده‌ای در غرب آسیا و در اروپای شرقی و غربی شده بود. در نتیجه جنگ‌های صلیبی برخی از علمای یهودی و مسیحی که تا قبل از این در سرزمین‌های اسلامی زندگی می‌کردند به شهرهای اروپایی امپراتوری روم رفتند و آنجا مدارس جدیدی را بنا گذاشتند.
ماحوزی در ادامه گفت: در مسیحیت نهضت ترجمه بسیار قوی‌ای را ر قرن‌های دوازدهم تا چهاردهم شاهد هستیم که طی آن، مترجمان مختلفی آثار فارابی و ابن سینا را به زبان‌های عبری و لاتینی ترجمه می‌کردند. به طور مثال فردی به نام دومنیکوس گوندیسالوی وجود دارد که به حدی در ترجمه و شرح آثار فارابی شهره شده بود که به وی "الفاربیوس" می‌گفتند. همچنین می‌توان به پیروان ابن میمون و افراد مشهوری همچون جرارد سرمونا، آبراهام بارحیه، موسی بن عزرا، آبراهام آویگدور، فلقوره، قالونیموس بن قالونیموس، یهوه بن عقنین، پتروس هیسپانسوس و دیگران اشاره کرد.
او ادامه داد: آنچه که به آن اشاره شد گویای خط سیر تأسيس سه دانشکده و بعد سرکوب دانشکده صناعت، دومنیکنی شدن دانشکده الهیات و بعد ترجمه و تدریس آثار فارابی و ابن سینا حتی به زبان عربی و از روی متون اصلی در دانشکده الهیات و بعد سرکوب دوباره این جریان موسوم به جریان توماسی و در نهایت تولد دانشکده فلسفه در دانشگاه پاریس است. بنابراین غرب یک دوره ۳۰۰ ساله را طی کرده تا فلسفه به دانشکده‌ای ویژه خود دست یافته است. از این تاریخ به بعد یعنی از قرن پانزدهم به بعد، در بازی و جدال دانشکده‌ها در میدان دانشگاه، دانشکده فلسفه هم حضور دارد؛ جدالی که تا قرن نوزدهم یک پیروز همیشگی داشت که تلاش می‌کرد دانشکده فلسفه و دیگر دانشکده‌ها را به انقیاد خود درآورد؛ یعنی دانشکده الهیات که قدرت خود را از نهاد دین و کلیسا می‌گرفت.