سامانه کایوتی بلوک ۳ (Coyote Block 3 / 3NK) برای رهگیری و مقابله با اهداف به‌ویژه دسته‌های پهپادی از مکانیزم‌های متفاوتی نسبت به مدل‌های انفجاری و ترکش‌شونده (مانند بلوک ۲) استفاده می‌کند.
مراکز و مکانیزم‌های کلیدی رهگیری در این نسخه شامل موارد زیر است:
این پهپاد رهگیر به همراه رادار پیشرفته رادیوفرکانسی Ku-band شرکت ریتون کار می‌کند. رادار زمین‌پایه وظیفه کشف، تفکیک هدف‌های کوچک از عوامل مزاحم محیطی و هدایت اولیه کایوتی به سمت مسیر پهپاد مهاجم را بر عهده دارد. برخلاف مدل‌های قبلی که با برخورد مستقیم یا انفجار ترکش باعث انهدام هدف می‌شدند، بلوک ۳ از قابلیت‌های غیرکینتیک (احتمالاً سامانه‌های جنگ الکترونیک یا مختل‌کننده‌های فرکانسی) بهره می‌برد. این سیستم بدون نیاز به برخورد فیزیکی یا انفجار، سیستم ناوبری یا ارتباطی پهپاد دشمن را مختل کرده و باعث سقوط یا از کار افتادن آن می‌شود. به دلیل استفاده از payload غیرکینتیک و عدم نیاز به انهدام انفجاری، این سامانه می‌تواند پس از نزدیک شدن به هدف و اخلال در عملکرد آن، به‌صورت سالم بازیابی شود (مثلاً با فرود درون تورهای مخصوص) و برای ماموریت‌های بعدی به کار گرفته شود.