6.  آماده‌سازی پروتئین (Protein Preparation):
    *   انتخاب ساختار مناسب از PDB، معیارهای انتخاب بهترین ساختار، حذف آب و لیگاندها، افزودن هیدروژن‌ها و آماده‌سازی برای داکینگ.

7.  آماده‌سازی لیگاند (Ligand Preparation):
    *   تولید ساختار سه بعدی، ساخت کانفورمرها (Conformers)، تعیین حالت پروتوناسیون و تبدیل فرمت‌ها با ابزارهایی مثل Open Babel و RDKit.

8.  اجرای داکینگ و اتوماسیون در لینوکس:
    *   کار با نرم‌افزار AutoDock Vina، اجرای داکینگ روی هزاران لیگاند و نوشتن اسکریپت‌های Bash در لینوکس برای خودکارسازی فرآیند (Batch Docking). به خاطر بهینه بودن روی لب تاب، روی صد لیگاند آموزش داده شده است

9.  تحلیل نتایج و انتخاب Hits:
    *   تحلیل انرژی اتصال (Binding Affinity)، مصورسازی (Visualization) نتایج و انتخاب بهترین ترکیبات برای مراحل بعدی.


♦️♦️♦️تمام بخش های دوره روی پروژه عملی کامل طراحی مهارکننده MMP-12) می باشد

♦️♦️♦️♦️♦️♦️
ثبت نام
👇👇👇👇
@zistaacademy_real