دوره جامع ویرچوال اسکرینینگ و داکینگ اتوماتیک

1. مبانی و مفاهیم اولیه Virtual Screening:
    *   آشنایی با مفهوم غربالگری مجازی، تفاوت آن با غربالگری با توان بالا (HTS) و درک مفهوم فضای شیمیایی (Chemical Space).

2.  روش‌های غربالگری (Ligand-Based vs Structure-Based):
    *   بررسی دو رویکرد اصلی غربالگری (مبتنی بر لیگاند و مبتنی بر ساختار)، اصل شباهت و مزایا/معایب هر روش.

3.  اثر انگشت مولکولی (Molecular Fingerprints) و جستجوی شباهت:
    *   آشنایی با انواع Fingerprints (مثل Key-based, Path-based, Circular/ECFP) و محاسبه ضریب شباهت Tanimoto.

4.  کاربرد یادگیری ماشین (Machine Learning) در طراحی دارو:
    *   استفاده از ML برای پیش‌بینی فعالیت زیستی ترکیبات، انتخاب ویژگی‌ها (Feature Selection) و کاربرد Fingerprints در مدل‌های ML.

5.  فرمت‌های فایل شیمیایی و پایگاه‌داده‌های دارویی:
    *   آشنایی با فرمت‌های مهم (SMILES, InChI, MOL, SDF, PDB) و کار با دیتابیس‌های بزرگ مثل ZINC, PubChem, ChEMBL و DrugBank برای دانلود لیگاند.