По какому-то счастливому стечению обстоятельств потратил минут 15 на прошивку ПЛИС по JTAG. Сначала не определился программатор, потом программатор не видел чип. У меня не стандартная конфигурация для таких экспериментов (ВМ qemu с ubuntu) и проблема казалась тривиальной (софтовой). Но lsusb и modprobe говорили что всё ок. На удивление, помогла только перезагрузка ноута 🤷‍♂️