VGsim

Библиотека для Python, предназначенная для моделирования вирусных генеалогий (VGsim — Viral Genealogy Simulator), с помощью которого можно моделировать пути распространения COVID-19 в условиях глобальной пандемии и прочие сценарии пандемий мирового масштаба. Симулятор вирусных генеалогий — программное обеспечение, предназначенное для проверки методов анализа данных, связанных с генетической природой коронавируса. По генетическим последовательностям вирусов можно детально проследить пути их распространения — построить их генеалогию, дерево заражений. Такие деревья содержат много информации, в частности, об эволюции патогенов. Авторы отмечают, что их библиотека не только является самым быстрым симулятором вирусных генеалогий, но так же способна учитывать миграцию, что отличает ее от общерпинятых моделей. Библиотека может быть полезна ученым-эпидемиологам, data science специалистам в области медицины и статистики.

статья | код