SimChrom

В репозитории опубликован код SimChrom — интерактивного ресурса и набора данных для анализа человеческого хроматома. Авторы собирают разрозненную информацию о хроматин-ассоциированных белках из функциональных баз, данных о субклеточной локализации и исследований спектрометрии, а затем приводят её к единой системе. Работа обращает внимание на то, что само множество белков хроматина до сих пор плохо согласовано между источниками, и разные протеомные исследования дают сильно отличающиеся списки, локализационные базы имеют неполное покрытие, а Gene Ontology слишком подробна и неудобна для прямого анализа хроматома. На этой основе авторы строят SimChrom классификацию, набор примерно из 3000 хроматиновых белков и более простую версию разметки, где каждый белок получает одну основную категорию. Отдельно авторы показывают, что в хроматиновых белках остаётся заметная тёмная часть структурного пространства. С помощью AlphaFold и TED они находят 241 структурный домен без известных экспериментальных структур или близких структурных суперсемейств, а часть из них также не имеет Pfam-аннотаций. Работа будет полезна исследователям хроматина, системной биологии, структурной биоинформатики и командам, которые строят модели регуляции генома на уровне белков, доменов и взаимодействий.

статья | код