QuAP

В репозитории представлен код для воспроизведения результатов работы по теории и оцениванию долей смешения в популяционной геномике. Авторы обращают внимание, что такие величины, как admixture fractions, давно стали стандартным инструментом в анализе данных (например, в программах Structure и ADMIXTURE), но их статистические свойства в рамках строгих моделей изучены недостаточно. В работе получены теоретические выражения, позволяющие предсказывать средние значения и дисперсии долей смешения внутри популяции с учётом рекомбинации и генетического дрейфа. На основе этих результатов предложен практический метод оценивания параметров потока генов по уже рассчитанным долям смешения. Авторы показывают, как корректировать оценки моментов с учётом ошибок, возникающих при вычислении admixture fractions, и как работать с неполными данными генотипов. Предложенная процедура, реализованная в пакете QuAP, использует регрессию наблюдаемых статистик по хромосомам разной длины на теоретические кривые и позволяет восстанавливать время начала, длительность и интенсивность миграции. Работа будет полезна исследователям в области популяционной генетики и вычислительной геномики.

статья | код