Я был не прав, когда предлагал изолировать внутренние абстракции Node.js через отдельные V8 контексты. Но после дополнительного исследования оказалось, что просадка производительности больше чем у primordials. Но у меня есть лучшее решение.

Идея выглядела красиво: защитить internal built-ins от userland pollution. Но на практике пересечение v8 realm boundary оказывается слишком дорогим, а сохранение нормальной семантики для instanceof, Promise, Array и patchable prototype еще добавляет накладные расходы.

Исследование тут:
https://github.com/tshemsedinov/poc-node-isolate-internals