Чтобы решить проблему:
1. создаёшь персональный токен аккаунта на чтение только публичных репозиториев (`github settings > developer settings > personal access tokens`)
2. ставить gh (github cli) и сохраняешь токен в систему
gh auth login --scopes 'public_repo,read:packages' --hostname github.com`
3. в переменных окружения добавь эти переменные
GITHUB_TOKEN=$(gh auth token)
GITHUB_TOKEN=$GITHUB_TOKEN
UV_GITHUB_TOKEN=$GITHUB_TOKEN
GH_TOKEN=$GITHUB_TOKEN
Перезагружай окружение и запускай topgrade вновь.
Теперь утилиты будут подхватывать github токен и ты не упрёшься в лимиты.