Вчера мы наконец выпустили в бету фичу иерархии файлов в PR. Работники ГитХаба пользуются этим уже некоторое время и это крайней удобно в случаях, когда PR включает много файлов. Дерево появится в PR в которых как минимум 2 файла (в левой части экрана ) и опция может быть отключена, если Вам она не понравится. Больше информации здесь