В 1989 г. Верховный Совет СССР и Политбюро ЦК КПСС наделили местные органы власти полномочиями по созданию мемориалов памяти жертв политических репрессий.

Среди региональных инициатив выделяется проект в центре г. Томск. В июне 1989 года напротив здания горисполкома был заложен «Камень Скорби» в память о «жертвах сталинизма», а областные власти объявили конкурс на создание полноценного мемориального комплекса, открытого в 1992 г.

«Сквер Памяти» был воздвигнут на территории кирпичного дома, построенного в начале XX в. для приходской школы. В 1923-1944 гг. в нём находился следственный изолятор городского отдела ОГПУ-НКВД. Его подвал станет помещением для музея «Следственная тюрьма НКВД» – единственного учреждения такого типа в РФ, расположенного в здании бывшей тюрьмы.

Наполнять музейную коллекцию помогали члены общественных организаций, местные жители и сотрудники местных КГБ и МВД. В частности, при их содействии в музей были переданы подлинные двери изолятора 1930-х гг.