На предыдущий пост я получил некоторое количество советов и рекоммендаций; по запросам краткий конспект предложенного:

1. aconfmgr — некоторое Arch-специфичное решение. Говорят, страдает выбросами исключений.
2. Файловые системы со снапшотами, и zfs в частности. Поковырял наживую, а потом посмотрел разницу.
3. Был упомянут некий augeuas (не знаю, что это)
4. Делать руками, а потом внимательно изучать ~/.bash_history
5. Есть библиотека mitogen, которая должна в несколько раз ускорять ansible.

Ну и моё тривиальное решение tar -c . | ssh root@host tar -C / -x. Волшебства обнаружено не было.