Молодцы, ничего не скажешь: на пустом месте усложнили реализацию. Синтаксически некорректный конфигурационный файл это фатально. Это ошибка разработчика. Нет никаких "но". Ошибки надо исправлять. Точка.
Что делает git, если
~/.gitconfig синтаксически некорректен? Что делает компилятор C, если он может скомпилировать только две из трёх функций в файле? То-то же!