Библиотеки эмуляции NES так же являются взаимозаменяемыми: если нужен более точный эмулятор, то его можно взять Nestopia или Mesen, самому скомпилировать и заменить в плагине
FceUMM тоже можете попробовать, но вероятнее всего работать он не будет (я изначально базировал свой плагин на нем)

Для упаковки билда в b64 используйте прикрепленный скрипт (ну или можно сделать свой, не принципиально)

Если кому нужен гайд для компиляции отпишите мне в ЛС, помогу