В продолжение темы проверки электронной подписи.

Но в данном случае это не архивная ЭП, не иностранная, а всего лишь сертификат физического лица, который выдан АУЦ, но проверку на квалифицированность сервисом головного УЦ не проходит.

Вероятно проблема заключается в том, что сервис смотрит на поле C - страна, которое не RU, а KZ и делает вывод, что это сертификат юридического лица.
По какой логике УЦ включает данную информацию в сертификат физического лица, вопрос к самому УЦ. Для сертификата ФЛ достаточно только ФИО, СНИЛС и ИНН.

Данный пример - ещё один показатель, что доверять результату проверки ГУЦ нельзя, схема и логика его проверок нигде не описана.