مهم‌ترین اصول فکری و برجسته‌ترین آثار علمی ایشان:
​الف) مهم‌ترین مبانی فکری و فلسفی
​۱. اصالت دادن به «حکمت متعالیه» (مکتب ملاصدرا)
​آشتیانی یک صدرایی تمام‌عیار بود. او اعتقاد داشت که ملاصدرا با ترکیبِ «برهان عقلی»، «شهود عرفانی» و «ظواهر قرآن و حدیث»، کامل‌ترین نظام فلسفی جهان اسلام را پایه‌گذاری کرده است. او در تمام عمر به تبیین و دفاع از اصول اصلی این مکتب پرداخت؛ اصولی مانند:
​اصالت وجود: اینکه آنچه در عالم واقعیت دارد «وجود» است و ماهیات اعتباری هستند.
حرکت جوهری: جهان مادی و ذات موجودات در هر لحظه در حال نو شدن و تکامل است.
اتحاد عاقل و معقول: فرایند شناخت علمی، نوعی اتحاد میان روح انسان و حقیقت آن علم است.
۲.دفاع از تفکر عقلی در تشیع و نقد تفریط‌ها
​آشتیانی به شدت با جریان‌های ضد عقل و مخالف فلسفه (مانند مکتب تفکیک یا اخباری‌گری) مرزبندی داشت. او معتقد بود شیعه بر پایه عقلانیت بنا شده و احادیث ائمه (ع) سرشار از دقیق‌ترین مباحث فلسفی است. او کسانی را که بدون فهم عمیق، با فلسفه مخالفت می‌کردند، به سطحی‌نگری متهم می‌کرد.
۳.احیای سنت فلسفی ایران پس از ملاصدرا
​یکی از تزهای مهم او این بود که جریان فلسفه اسلامی با مرگ ملاصدرا قطع نشده است. او اثبات کرد که در سه قرن گذشته، فلاسفه بزرگی در اصفهان، تهران و خراسان ظهور کرده‌اند که آثار درخشانی نوشته‌اند اما غبار فراموشی روی آن‌ها نشسته است. او خود را موظف به بیرون کشیدن این گنجینه‌ها از گمنامی می‌دانست.