На выборах Президента России ТИК ДЭГ отказалась от подписания файлов с результатами волеизъявления участников ДЭГ усиленной квалифицированной электронной подписью (УКЭП). Вместо подписания файлов УКЭП, как это делалось на предыдущих выборах, ТИК ДЭГ создала собственный неквалифицированный корневой сертификат, который не признаётся государственными информационными системами, в том числе ГАС “Правосудие” и ЕПГУ. Проверка подписей файлов ПТК ДЭГ с выборов Президента с помощью аккредитованных сервисов в сети Интернет выдаёт результат о том, что подпись недействительна. Решение ТИК ДЭГ о создании неквалифицированного сертификата было опубликовано на портале ПТК ДЭГ 17 марта 2024 года уже после завершения ДЭГ.

Ранее подтвердить подлинность файлов ПТК ДЭГ можно было на портале Госуслуг или с помощью специальных сервисов аккредитованных удостоверяющих центров.