Сравниваем 2 APK на уровне dex. Не маст-хев инструмент, но посмотреть на сколько хорошо работают ваши proguard правила и сверить apk от релиза к релизу может быть удобно.

Сам инструмент: https://github.com/theapache64/dex-diff