Можно ли по обычному H&E-препарату увидеть пространственную организацию опухолевого микроокружения?

“ В определённой степени — да» — говорят авторы свежей публикации в Cell

Исследователи сначала использовали 41-плексную пространственную протеомику и проанализировали более 18 миллионов клеток у 457 пациентов с немелкоклеточным раком лёгкого. Им удалось выделить 10 воспроизводимых клеточных «соседств», сформированных опухолевыми, иммунными и стромальными клетками.

Затем на этих данных обучили AI-платформу CANVAS, способную распознавать аналогичные пространственные паттерны уже непосредственно на рутинных H&E-срезах.

Подход дополнительно проверили более чем у 5000 пациентов с 9 различными типами опухолей. Выявляемые CANVAS пространственные паттерны оказались связаны с прогнозом, особенностями опухолевой экосистемы и ответом на иммунотерапию.

Особенно интересно, что клеточные сообщества, богатые нейтрофилами, ассоциировались с худшими исходами и резистентностью к блокаде иммунных контрольных точек.

По сути, речь идёт о попытке извлечь из привычного H&E гораздо больше информации, чем мы традиционно используем при морфологической оценке: не только какие клетки присутствуют, но и как именно они организованы относительно друг друга.

материал группы членов ESDIP/ASDP