Никогда не используйте личку в телеге, как склад логов.

Оказалось, что в телеге есть внутренний счетчик на сообщения, при переполнении которого из всех личных чатов пропадет случайный отрезок времени.

Workaround - складывать всё важное в отдельные каналы/супергруппы.
А очень важное - вообще не хранить только в телеге, а бэкапить ещё куда-нибудь.

Чуть подробней, как это работает:
На все личные беседы (человек-человек, человек-бот, + сохраненки тоже считаются) и обычные группы (таких уже почти нет, обычно группа очень быстро апгрейдится до супергруппы) внутри телеги есть единый счетчик входящих и исходящих сообщений.
После того, как счетчик заходит за 1-3 миллиона сообщений (у разных людей по-разному) - телега перестает отдавать сообщения за произвольный промежуток времени.

Для каждой супергруппы и канала этот счетчик отдельный, поэтому для них проблема не так критична.

Проверить, "сколько сообщений уже наспамлено", можно через @ArynIDBot или @accountcountbot, отправив через inline сообщение в сохраненки.

Реф баги в багтрекере телеги, там ещё немного подробней про проблему на английском: https://bugs.telegram.org/c/19148.

Алсо, ещё в комментах у Ly (от самого Ly, в общем-то, с ссылкой на девтим телеги) вычитал, что
1) удаление сейчас не помогает. Там именно по айдишникам удаляет.
насколько понимаю, просто удалить мусорные сообщения, если их уже много, не поможет.
2) это, внезапно, тянется ещё с ВК.
(какая связь телеги и вк с точки зрения кода не представляю, и думать об этом страшновато)