Цитронный — подсказка к характеру сорта: в ароматике свежие цитрусовые оттенки, а вместе с ними цветы, мускат, спелые фрукты.
Магарача — от названия знаменитого крымского института виноградарства и виноделия «Магарач», где этот сорт был создан еще в советское время.
Кстати, правильно говорить Цитронный МагарАча — ударение на третью «а».