Используйте
sysstat (iostat, pidstat, sar) — это недооценённый набор инструментов, который даёт историю системной нагрузки, включая CPU, I/O и per-process статистику.
`apt install sysstat` или `yum install sysstat`
— `sar -u 1 5` покажет реальную загрузку CPU, а не усреднённые цифры;
— `iostat -x 1` поможет понять, что умирает на диске (await, util, svctm);
— `pidstat -dru 1` идеально для диагностики «кто жрет и почему».
Когда сервер тормозит, а "top" выглядит нормально — эти инструменты дают ответ.