Виртуалка шуршит диском на ровном месте — проверьте journald. В тикете systemd #40262 стенд простой: Debian 13, systemd 257.9, ядро 6.12.57+deb13-amd64, журнал лежит на XFS. haproxy пишет две строки в секунду, а виртуалка выдаёт около 50 IOPS.
Автор объясняет это форматом журнала: файлы кратно больше того, что в них записано, и на грязной перезагрузке он их не раз ловил битыми. Точно такой же отчёт (#15292) закрыли с формулировкой, что iotop врёт; здесь IOPS сняты снаружи, с гипервизора, уже после того как ядро склеило записи.
Что делать: снимать IOPS со стороны гипервизора, а не из гостя. Если журнал правда упирается в диск, переведите его в память (
Storage=volatile в journald.conf) и отправляйте логи наружу, в syslog или удалённый сборщик. Плата за это — журнал на самой машине не переживёт перезагрузку.