Вебмайстер випав з топ3 після того, як відхилив посилання в Google Disavow Tool
https://www.reddit.com/r/SEO/comments/1w4mdsd/accidentally_disavowed_valuable_backlinks_lost_my/

Мюллер моніторить реддіт та постійно втручається додати коментар від гугла. Гарний приклад роботи техпідтримки продукту :) який десь обговорюють.

Що сказав Мюллер:
— Disavow Tool працює
— Але відмова від кількох посилань не призведе до вильоту сайту з пошуку.
— Він радить переглянути файл Disavow і залишити в ньому лише те, що дійсно потрібно (або взагалі очистити його, якщо ви не впевнені).
— Варто шукати інші причини падіння. Особливо після останніх оновленнь (spam update)
— Якщо позиції впали через Spam Update, відновлення може тривати місяцями.
— Як додатковий крок, можна перевірити сайт на наявність серйозних технічних проблем, щоб виключити прості помилки.

Короче, скоріш за все проблема не в Disavow.