В спецификации CSS эти два термина определяются так (моя интерпретация): "кастомное свойство" — это определение некоторого именованного значения, которое будет использоваться в будущем
--primary-color: #fff, "переменная" — это механизм для получения по имени определённого ранее значения var(--primary-color). Такое отличие полезно, потому что благодаря ему мы можем говорить про "переменные с фоллбеком" var(--primary-color, #eee). У кастомных свойств, как и у любых других свойств, невозможно задать фоллбек. Также мы можем "определить кастомное свойство на элементе". Переменные в CSS не определяются, но используются в других свойствах.В статье есть ещё несколько других примеров, рекомендую заглянуть.
#css
https://webplatform.news/issues/2020-12-04