Новый и очень красивый сервис для отрисовки графов — https://cosmograph.app.

Автор заявляет, что в его основе лежит самый быстрый алгоритм для веба, который позволяет отрисовывать в браузере действительно большие графы.

Алгоритм также можно использовать в своих проектах, в виде библиотеки для JS он лежит тут.