Вообще, есть такие настройки для Claude
.claude/settings.json
{"permissions": {"deny": ["Read(./.env)", "Read(./.env.*)", "Read(./secrets/**)"]}}
Но, типа, для codex форма другая. Для opencode третья. Для Pi четвертая. И по итогам чё у нас репа будет из настроек агентов состоять?