Вот чтобы делать MSAA буквально как суперсэмплинг, во фрагментном шейдере нужно обрабатывать каждый сэмпл (`[[sample_id]]`) отдельно по типу такого:

fragment float4 circle_msaa_persample_fragment(TriangleOut in [[stage_in]],
                                               constant ScreenUniforms &screen [[buffer(0)]],
                                               uint sampleID [[sample_id]]) {
    const float2 sampleOffsets[4] = {
        float2(-0.125, -0.375),
        float2(0.375, -0.125),
        float2(-0.375, 0.125),
        float2(0.125, 0.375)
    };

    float2 pixel = in.position.xy + sampleOffsets[sampleID & 3u];
    float2 ndc = demoPixelToNdc(pixel, screen.resolution);
    float3 color = demoTriangleCircleColor(ndc, 1.0);
    return float4(color, 1.0);
}

Проект я потом отдельно прикреплю.