Расчеты Марка Злотника показывают, что ставка общего налога с большой сохи подскочила с 22 рублей в 1561 году до 38,5 в 1584 году, в год смерти Ивана. Почти все (84 процента) сборов в 1584 году были направлены на военные расходы; военная доля составляла 73 процента в 1561 году и 62 процента в 1533–1550 годах. Но хотя ставка налогообложения резко возросла и легла тяжелым бременем на крестьян, площадь обрабатываемых земель сократилась еще более драматично. Чистым результатом стало резкое падение государственных доходов. Исследование Глеба Абрамовича показало, что новгородские регионы, платившие Москве 13 000 рублей в год в середине 1560-х годов, смогли предоставить 9 150 рублей в начале 1570-х годов и 6 500 рублей в 1576 году. К 1583 году условия настолько ухудшились, что Москва могла собрать только 1 110 рублей. Через четыре года после смерти Ивана, в 1588 году, Москва получила всего 895 рублей из новгородских земель, некогда богатейшего региона во всех русских землях.

Подсчитано, что 84 процента пахотных земель в Московском уезде и до 90 процентов в Новгородских землях лежали в запустении (В. И. Корецкий, «Хозяйственное разорение русской деревни во второй половине XVI в. и правительственная политика», в сборнике Ежегодник по аграрной истории Восточной Европы 1965 г., МГУ 1970). Хотя некоторые ученые считают эти цифры завышенными, их пересмотренные оценки, тем не менее, показывают, что около половины пахотных земель было заброшено (Р. Э. Ф. Смит, Крестьянское земледелие в Московии, Издательство Кембриджского университета, 1977). В результате низкого уровня производства продовольствия не хватало, а цены были высокими. Нехватка рабочей силы побудила правительство в 1581 году объявить «заповедные лета», тем самым лишив крестьян их права, гарантированного судебниками 1497 и 1550 годов, переселяться в течение Юрьева дня.

Записи свидетельствуют, например, что одна большая промысловая рыболовецкая деревня на крайнем севере была почти полностью покинута, когда в 1568 году опричники, чье требование дополнительного налогового платежа не было удовлетворено, напали на неё. Царь также конфисковывал поместья в земском секторе и удалял их владельцев. Один примечательный пример, изученный Р. Г. Скрынниковым, произошел вскоре после учреждения опричнины в 1565 году. Помимо казней видных членов элиты, Иван IV приказал выслать сотни княжеских слуг, включая более 100 князей из знатных династических ветвей Суздаля, Ярославля, Ростова и Стародуба, из их родовых земель и отправил их в ссылку в недавно завоеванные земли Казани. Поместья, полученные ими в районе Казани, были гораздо меньше тех, которые они потеряли. И хотя они были помилованы и некоторым было разрешено вернуться в свои родные уезды год спустя, как раз тогда, когда Иван пытался заручиться поддержкой земщины для продолжения Ливонской войны, они не вернули свое прежнее имущество: многое из возвращенного было экономически разорено.

Опричники также разграбили собор Святой Софии, новгородскую сельскую местность, особенно имения, принадлежавшие городским монастырям, и рыночную площадь самого города. Шестинедельная кампания привела к передаче богатств архиепископской кафедры, новгородских монастырей, а также ремесленников и торговцев города в казну опричнины. Но эти приобретения для опричнины были достигнуты ценой не только почти 400 жизней предполагаемых изменников и их семей, но и дополнительных сотен людей, которые, будучи изгнанными из своих домов в городе и окрестных деревнях, впоследствии погибли от холода, голода и болезней. Когда опричники завершили свою задачу в Новгороде, они направились в Псков, где в несколько изменённой форме повторили свои действия. Вслед за новгородским погромом опричнина обратила свои карательные силы против собственных лидеров, самый значительный из которых, боярин А. Д. Басманов, был казнен.