Что на самом деле произошло на борту FlyDubai, всё ещё неизвестно. Израильские СМИ рассматривают две основные версии:

— Ynet пишет, что «растут подозрения, что причиной сообщения о захвате самолёта стала попытка самоубийства одного из пилотов». «Удалось предотвратить крайне тяжёлую катастрофу. Второго пилота сейчас допрашивают — появляется всё больше признаков того, что он хотел захватить управление самолётом и разбить его вместе с пассажирами», — сообщает Амит Сегаль со ссылкой на высокопоставленный источник в Израиле.

Высокопоставленный израильский чиновник также заявил Channel 12, что на рейсе FlyDubai из ОАЭ в Израиль «была предотвращена самая серьёзная катастрофа». По его словам, в отношении второго пилота ведётся расследование на фоне растущих подозрений, что он пытался захватить управление самолётом и устроить крушение.

— При этом также проверяется версия о том, что возможной целью могла быть террористическая атака.

— При этом изначально речь шла о конфликте между членами экипажа на фоне ссоры.

Все рейсы FlyDubai, прибывающие в аэропорт Бен-Гурион, направляют в изолированную зону, где их проверяют силы безопасности, чтобы исключить возможность другого масштабного инцидента.