Заметки лабораторного кота

Серьезные ученые (в отличие от ряда энтузиастов-просветителей) в большинстве своём осознают тот факт, что наука — это лишь один из способов познания и, что важно, признают ограниченность ее вклада в наше мировоззрение и принятие решений. То есть, вклад огромен, но 100% доминирования нет и не предвидится. Для того, чтобы с этим жить мы воспитываем и используем синкретическое мышление и, например, славим Господа в своих молитвах и строим теории развития Вселенной не упоминая его имени в статьях /в суе/.
Таким образом, главное правило синкретического мыслителя — знать границы, где какие мысли думать и высказывать, избегая смешения стилей. … за окном поезда МЦК проплывает мой любимый вид на Новодевичий монастырь, следовательно, на следующей станции мне выходить, так что продолжу мысль № следующем посте, как будет время.

Исследователи из Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха под руководством Артёма Исаева совместно с коллегами из Великобритании изучили метилтрансферазу BREX системы, и благодаря установлению структуры белка смогли изменить его специфичность к ДНК-сайтам, что позволило также значительно усилить антивирусную защиту.

Результаты исследования, поддержанного грантом РНФ, представлены в журнале Nature Communications.

«Мы в лаборатории занимаемся изучением BREX-системы с момента её открытия. Она достаточно сложна, так как состоит из шести белков, и интересна тем, что совмещает классический принцип метилирования ДНК с новыми механизмами защиты от вирусной инфекции. В этой работе мы постарались разобраться, как происходит распознавание чужеродной и собственной ДНК BREX-системой и какую роль в этом играет белок метилтрансфераза — BrxX. Наши коллеги из лаборатории Дмитрия Гилярова разрешили структуру белка BrxX в комплексе с сайт-специфичным ДНК-субстратом и смогли расшифровать, каким образом происходит распознавание конкретных букв (нуклеотидов) в BREX-сайте. Располагая этой информацией, мы смогли провести мутагенез белка BrxX и тем самым запрограммировать его на распознавание новых ДНК-сайтов.», — поделилась первый автор работы Алёна Дробязко, выпускница аспирантуры Сколтеха.

Международная группа исследователей из России и Индии, включая учёных Марийского государственного университета, изучила антиферроптозные и цитотоксические свойства новых производных 2-аминометилфенотиазина.

Ферроптоз — недавно открытая форма регулируемой клеточной гибели, связанная с нейродегенеративными и сердечно-сосудистыми заболеваниями, включая ишемический инсульт, болезни Альцгеймера и Паркинсона.

В ходе экспериментов на клетках BT-474 выявлено, что 2-аминометилфенотиазин и его производные снижают уровень активных форм кислорода, защищая клетки от ферроптоза. Антиоксидантная активность была также продемонстрирована на митохондриях печени крыс.

Алкильное производное фенотиазина оказалось наиболее перспективным, так как демонстрировало антиферроптозную активность без цитотоксичности в отличие от других соединений.

Исследование открывает новые возможности для создания препаратов против ферроптоза.

Научные сотрудники Курчатовского геномного центра — ПИЯФ (Гатчина) разработали дрожжевые штаммы, эффективно расщепляющие поликапролактон — пластик, используемый в медицине и промышленности. В природе его разлагают ферменты кутиназы, но их активность нужно усилить для утилизации отходов.

Проведя скрининг коллекции дрожжеподобных грибов, исследователи выявили штаммы Aureobasidium pullulans и Fusarium solani, наиболее эффективно разрушающие поликапролактон. На основе анализа их геномов были созданы штаммы дрожжей Komagataella phaffii, активно продуцирующие кутиназы.

В настоящее время ведётся работа над повышением активности ферментов для создания промышленного штамма. Учёные подали заявку на регистрацию патента.

Исследователи из Красноярского научного центра СО РАН и Красноярского государственного медицинского университета им. св. Луки Войно-Ясенецкого создали микрофлюидный чип с ДНК-аптамерами для раннего обнаружения раковых клеток в крови.

Чип изготовлен из биосовместимого полимера и состоит из двух пластиковых пластин с реакционной камерой. Внутри камеры аптамеры — синтетические молекулы — связываются с опухолевыми клетками, позволяя их обнаружить, и закреплепляются на стенках.

Тестирование на клетках рака молочной железы показало, что клетки прочно прикрепляются к чипу при скорости потока до 200 микролитров в минуту.

Устройство упрощает диагностику и имеет низкую стоимость производства. В будущем учёные планируют адаптировать чип для разных видов рака, включая разработку зон с аптамерами для дифференцированной диагностики.

По следам вчерашнего праздника.

Макрон: мы должны победить Россию.

Лидеры ЕС: мы введём новые санкции против русских.

Тем временем простая русская женщина:

Исследователи из Стэнфорда с помощью искусственного интеллекта обнаружили природный пептид BRP, который, подобно семаглутиду (Ozempic), эффективно снижает аппетит и массу тела, но без побочных эффектов: тошноты, запора, потери мышечной массы.

С применением алгоритма Peptide Predictor ученые проанализировали прогормоны и выявили сотни потенциально активных пептидов. BRP продемонстрировал значительное увеличение нейронной активности и снизил у животных (мышей и мини-свиней) потребление пищи до 50%, способствуя потере жира и улучшению толерантности к глюкозе и инсулину.

BRP действует, активируя нейроны в гипоталамусе, контролирующем аппетит и метаболизм, через иной метаболический путь, чем семаглутид, который затрагивает и другие ткани.

Далее планируются клинические испытания и детальное изучение механизма действия BRP.

🧬 Когда мы слышим слово ДНК, первая ассоциация, которая возникает в голове, — генетическая информация, передающаяся от поколения к поколению. Однако ДНК можно использовать не только в биологии, но и в нанотехнологиях. Одно из таких перспективных направлений — ДНК-оригами — технология, позволяющая создавать наноструктуры с молекулярной точностью.

О том, как устроено ДНК-оригами и как может изменить подход к созданию новых материалов и технологий, рассказали учёные Центра инженерной физики Сколтеха Ирина Мартыненко и Анвар Баймуратов.

Исследователи из ФИЦ Биотехнологии РАН разработали метод, позволяющий значительно повысить выработку гликопротеиновых гормонов в клетках яичника китайского хомячка (CHO).

Гликопротеиновые гормоны, такие как тиреотропный гормон (ТТГ), фолликулостимулирующий (ФСГ), лютеинизирующий (ЛГ) и хорионический гонадотропин (ХГ), используются для терапии рака, лечения гормональных нарушений и диагностики щитовидной железы.

Традиционное производство этих гормонов затруднено из-за их сложной структуры, требующей оптимизации соотношения альфа- и бета-цепей.

Учёные оптимизировали сигнальные пептиды, которые регулируют секрецию белков, улучшив соотношение альфа- и бета-цепей гормонов. Пептид из человеческого сывороточного альбумина увеличил продуктивность клеток: на 60% для ХГ, в 4 раза для ЛГ и в 13 раз для ТТГ по сравнению с «родным» пептидом.

Метод позволит удешевить производство биопрепаратов.

Вчера во многих новостных каналах, в основном, ориентированных на ширнармассы, мелькала новость "Ученые обнаружили, что волки Чернобыля выработали генетическую устойчивость к раку". Вообще, ничего принципиально нового, казалось бы — жесткие условия естественного отбора, все дела. Но все же мне стало интересно — а что там за гены? Может, какие-то мощные аллели антионкогенов? И я начал искать оригинальную статью.

Это было максимально больно. Англоязычные источники по кругу ссылались друг на друга, оригинал новости пошел от пресс-релиза PI, и вообще, в итоге стало не понятно, идет ли речь о волках или о собаках. Поиск на гугл сколаре, пабмеде и биоархиве по ключевым словам тоже не помог мне найти исследование, результаты которого бы содержали что-нибудь про устойчивость к раку.

В общем, я нашел два исследования, которые имеют отношение к пресс-релизу (в авторах есть упомянутые завлабы), и, вероятно, речь шла о них. Первое — вышло еще в 2019, волкам в Полесском радиационно-экологическом заповеднике надевали GPS, мониторили их передвижения, и на этом основании моделировали несколькими способами полученную ими дозу облучения. Посчитали, что чернобыльские волчары получают в среднем где-то 18 миллигрей в год. Это, конечно, повышает кумулятивный риск канцера, но, в общем и целом, не так уж много — насколько я понимаю, сравнимо с некоторыми вариантами КТ.

Вторая статья была очень интересна — опубликованная около года назад, содержит просто прекрасное популяционно-генетическое исследование чернобыльских бродячих собак. Там оказалось, что собаки Припяти, станции Семиходы, и самой АЭС (то есть мест максимального радиационного заражения) между собой спокойно и массово скрещиваются, а вот скрещивание этих собак с популяцией из самого Чернобыля (чуть подальше от эпицентра и с более низким радиационным заражением) — минимально. В общем, собаки, обитающие в эпицентре Зоны сильно генетически отстоят от собак Чернобыля, и еще больше — от остальных собак, не живущих в Зоне (в качестве референсной популяции брали собак из соседнего с зоной украинского города Славутич). Авторы даже определили генетический вклад разных пород в формирование этих популяций собак! И тут тоже поразительные различия между популяциями, например, в Чернобыльской популяции "генетического наследия" пинчеров — 10-15%, а в популяции Припяти и АЭС — менее 1%.

Я получил колоссальное удовольствие, когда это читал — но нигде не нашел ничего про рак волчар и гены устойчивости к нему. Во второй статье слово cancer встречается всего один раз — в разделе Funding, в названии одного из фондов, давшего финансирование, в первой же — ни разу. В общем, как-то странно для меня эта новость выглядит. Может, это еще не опубликованная статья, у которой даже препринта нет? Или я настолько плохо искал? Чувствую себя одураченным.

Техасская компания Colossal Biosciences утверждает, что добилась создания «шерстистой мыши» путём вставки мышам восьми генов вымершего шерстистого мамонта. Редактированию подвергли гены, которы отвечают за рост шерсти, ее цвет и метаболизм жиров. Это ключевые характеристики, которые помогали мамонтам выживать в суровых холодных условиях.

В результате экспериментов ученые получили мышейс длинной, лохматой шерстью рыжевато-коричневого цвета, которые значительно отличаются от обычных лабораторных грызунов. Бен Лэмм, соучредитель и генеральный директор Colossal, отметил неожиданный побочный эффект эксперимента: «Очаровательность — один из непреднамеренных результатов, которого мы не ожидали».

Конечная цель Colossal Biosciences — не создать клона мамонта, а разработать «холодоустойчивых слонов», которые могли бы заполнить экологические ниши, в которых ране обитали мамонты. Компания планирует внести изменения примерно в 85 генов азиатских слонов, и эксперименты с мышами служат промежуточным этапом для отработки технологий.

Фото с запахом: эстетика химического факультета МГУ и учёбы на нем.

Минздрав России зарегистрировал первый биоаналог моноклонального антитела устекинумаба, препарата для лечения бляшечного псориаза и псориатического артрита у детей и взрослых. Восемь лет 🥲 понадобилось ученым компании "Генериум" для разработки и исследования препарата.

По данным клинических рекомендаций Минздрава России, псориаз относится к числу наиболее распространенных заболеваний кожи и встречается у 1-2% населения стран мира. Распространенность псориаза (число всех известных случаев заболевания) в 2021 году составляла 243,7 на 100 тыс. населения; заболеваемость (вновь выявленные случаи за год) - 59,3 на 100 тыс. населения.