#Грани_РАН
Сотрудники Института цитологии и генетики СО РАН, Новосибирского государственного университета совместно с зарубежными коллегами разработали и запатентовали уникальный программный комплекс для анализа геномных данных.
💡 Комплекс позволяет по результатам одного эксперимента ChIP-seq выявлять пары мотивов в ДНК, на которые «садятся» белки-регуляторы, управляющие считыванием генетической информации. Такие белки почти всегда работают в паре или группе, и именно их взаимодействие определяет, будет ли ген включён или выключен.
🗣Наш метод даёт максимум информации из одного набора данных — это и экономия, и шаг вперёд в понимании регуляции генов🗣, — отмечает старший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН и НГУ Виктор Левицкий.
📊 Раньше для поиска партнёров белка требовалось проводить множество дорогостоящих экспериментов — новый алгоритм экономит время и ресурсы, находя даже перекрывающиеся мотивы, которые традиционные методы пропускают. Программа уже протестирована на 164 реальных экспериментах и готова к широкому применению в биомедицинских исследованиях — например, для изучения иммунного ответа, онкогенеза и других ключевых процессов.
📝 Результаты исследования опубликованы в статье A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive analysis of motifs co-occurrence with MCOT package (Victor Levitsky, Elena Zemlyanskaya, Dmitry Oshchepkov, Olga Podkolodnaya, Elena Ignatieva, Ivo Grosse, Victoria Mironova, Tatyana Merkulova).