Конечно, расчёты in silico могут значительно упростить подбор  аптамеров для тех или иных мишеней, но главные проблемы остаются нерешёнными. Попыток создать аптамеры для клинического применения было много, но все они провалились. Иммуногенность у ДНК высокая — любая свободная ДНК в организме — это признак вторжения патогенов.  Токсичность у ДНК может быть, особенно генная, хотя пока никому не удалось достоверно доставить голую ДНК в ядро. Действие нуклеаз тоже никто не отменял. Т.ч. перспективы применения аптамеров всё равно довольно туманны. Хотя технология сама по себе достаточно интересная и обладает тем преимуществом, что может быть легко интегрирована с другими структурами на основе нуклеиновых кислот (теми же ДНК оригами, например, пептиднуклеиновыми кислотами, АСО, миРНК и др.).