BIONANO Revolution | Рыжков

#зоопарк_одобряет

Товарищ Артем Оганов @ArtemROganov в очередной раз покушается на самую что ни на есть базу в своей научной области - ну или, вернее, ее дополняет. Прям под Новый год у него вышла статья в Nature Communications, в которой, как он сам пишет,

описана простая модель, на удивление хорошо описывающая реакционную способность химических элементов - а заодно уточняющая полинговскую шкалу электроотрицательностей.

Вот тут научпоп-изложение, довольно неплохое (тут мы верим самому Артему, если ему понравилось, то ок) - ну за исключением заголовка, конечно, но журналисты есть журналисты

Всё гениальное действительно просто...

...для восприятия, но чтобы придумать, нужно пройти большой путь и глубоко разбираться в теме

Сильнейшее уважение людям, которым это дано 🫡

Робот под управлением GPT-5 повысил эффективность молекулярного клонирования в >70 раз

Примечательно, что модель предложила новую ферментативную процедуру, которую назвала RecA‑Assisted Pair‑and‑Finish HiFi Assembly (RAPF‑HiFi): она добавляет в реакцию два новых белка — рекомбиназу RecA из E. coli и одноцепочечный ДНК‑связывающий белок гена 32 фага T4 (gp32). Кроме того, модель целенаправленно изменила температуру и длительность инкубации, а также тайминг добавления ферментов: она предложила добавлять RecA и gp32 после начального HiFi‑этапа при 50°C, дать этим белкам поработать при 37°C, а затем вернуться к 50°C, чтобы завершить сборку. В совокупности эти изменения повысили эффективность более чем в 2,5 раза. Первичный скрининг и повторные эксперименты показали, что лучшими протоколами стали RecA‑Assisted Pair‑and‑Finish HiFi Assembly (RAPF) и Transformation 7 (T7) — соответственно для стадии сборки и для стадии трансформации.
И сборка RAPF, и трансформация T7 по отдельности повышали эффективность клонирования относительно базового протокола HiFi: в 2,6 и 36 раз соответственно; в сочетании они дали аддитивный прирост в 79 раз.

Полноценные автономные лаборатории становятся все ближе, но вместе с тем отчетливо видны риски, которые они несут

Поначалу звучали опасения в духе: «ИИ вырвется в интернет и будет спонсировать криптой биолаборатории ради своих экспериментов», но на практике посредники ИИ уже не нужны

Поэтому безопасность ИИ надо контролировать на уровне их создания, т.е. чтобы потенциально вредоносные идеи не возникали даже внутри размышлений

Примерами такой политики являются «протокол готовности» OpenAI и стартапы вроде RedQueen

Но подозреваю, что правила безопасности будут нормально соблюдаться в развитых странах, а во всех остальных – только если это бесплатно 🤱
Отсюда вопросы к бизнес-модели таких стартапов

В любом случае, автолабам – быть, соблазн слишком велик

💊 – круто, делаем! Если этот дизрапт нас не уничтожит, то будем жить по 900 лет, как раньше
🧠 – автолабы не нужны, сам разберусь и проведу эксперименты

У технарей есть традиционная забава – запускать DOOM 1993 на любой электронике, имеющей хоть какой-то микропроцессор

Одна из свежих вариаций – научить что-то рубиться в легендарный шутер

Ранее были попытки с культурой нейронов, но далеко это не зашло
Теперь другие ребята пробуют научить игре крысу, для чего соорудили крысиный VR-сетап

Усатый грызун располагается на трекболе, откуда каждое его движение передается в игру, смотрит в монитор и таким образом «бегает» по виртуальным коридорам. За фраги выдается вкусняшка 😮

О практических назначениях проекта авторы умалчивают, но по крайней мере, это весело!
Плюс по пути им приходится решать уйму инженерных задач и все это выкладывается в общий доступ
Возможно, года через 3 мы увидим первый кибертурнир среди животных

Как будто бы перспективнее было выбрать ворона: они и умнее, и живут дольше?

💔лучше заниматься серьезными вещами, а не в эти ваши игрушки играть
❤️многие выдающиеся вещи вырастают из забавы – вспомнить хотя бы нобелевку Фейнмана

Так, друзья, это прецедент

Уровень профессиональных компетенций обитателей нашего чата превысил допустимый уровень для местного ИИ-бота, Железяки

И вот, во время наших разгонов про редактирование ДНК in vivo и вариантов доставки CRISPR комплексов, Железяка решил, что мы тут разрабатываем что-то нехорошее и нажаловался своей мамке в свой офис

Вот такое письмо мне пришло от OpenAI, пишите свои мнения, господа!

Загружали рабочие отчёты в чаты гпт?

🗿 было и было
😇 не было

Потихоньку готовим -1 этаж к монтажу чистых комнат.

(то чувство, когда здание меняется (и ты меняешься вместе с ним 💦))

#квантумдень #квантумпарк #шуховатом

Итак, первый случай, когда к испытаниям на людях приступили без тестов на животных – вместо этого тестировали на человеческих органоидах

Использованы массовые чипы без активной перфузии и сенсоров
Недостаток информации с чипа компенсировали фармакогенетическими данными и нейросетью, обученной находить связи между микроснимками органоидов, результатами биохимических анализов и литературными данными

В целом, о подборе онкопрепаратов на основе генетических данных известно давно, и здесь как раз онкотерапия, но сделан ещё важный шаг вперёд – добавлены органоиды, чтобы проверить влияние на иммунные клетки человека

Последим, что будет на людях

🔥 давно пора прекращать мучить животных!
👾 хорошо, конечно, но без животных моделей не проверить влияние лекарства на потомство

Меня настиг отрезок из очередного интервью Альтмана, где он рассуждает, как ИИ захватит мир

Суть:

1️⃣Человечество делает ИИ всё более "умным", что в широком смысле входит в интересы ИИ

2️⃣Со временем ответы ИИ улучшатся так, что без дополнительного анализа ты уже не сможешь понять, правильный ответ или нет, а это время

3️⃣В итоге тот, кто всё подряд спрашивает у нейросети и выполняет точь в точь, выигрывает у сознательного пользователя, который всё перепроверяет сам

Мне это напомнило эксперимент с крысой Пифией, которую спрашивали как прогать на питоне

Конечно, она понятия не имела о чем ее спрашивают, всю мыслительную функцию на себя забрал ИИ, а крысе оставалось нажимать кнопки, отвечая да/нет

Я к чему

По сути, у человека уже есть нейроинтерфейс, способный подсказывать ответ ИИ сразу в мозг, что-то вроде кибер-интуиции

Но готовы ли вы к такому апгрейду?

👍 да, чем эффективнее, тем лучше
🤯 нет, я живой человек и хочу сам исследовать этот мир

Самоуправляемые AI-лабы: автоматизируется весь цикл проектирования, создания, тестирования и дообучения на полученных результатах

Почему бы и нет, особенно для работы с патогенами или вредной (не)органикой

Опубликовали наш обзор по мозгам на чипе
(не путать с чипом на мозге)

Рассказали про актуальные достижения Homo Sapiens в создании микрофлюидных клеточных барьеров для изучения работы мозга и тестирования новых лекарств

⭐️ Большая проблема для таких моделей – гипоксия клеток на чипе

🌐 Решением может стать технология ангиогенеза – самосборки новых сосудов сквозь сформированную ткань

⚙️ Мы собрали все необходимое для реализации такой технологии, и в этом нам помогли коллеги-биологи из Института Мозга и НОЦ «Мягкая материя и физика флюидов»

К вам просьба – не держите в секрете полученные знания. Читайте, обсуждайте, распространяйте, иначе зачем это всё?

#статейка@bionanorevolution

upd: полный текст статьи в комментарии к этому посту ⤵️

Закулисье создания новой лабы Микрофлюидики и биоМЭМС в Квантум-парке

Мы живем в невероятном таймлайне, друзья

#квантум@bionanorevolution

Будущее начинается с видения.

Питер Тиль и Сэм Альтман – из тех, кто его формирует и реализует. Рассказываю нарратив их недавних интервью и делюсь своим мнением

🚀 Альтман верит в бесконечное ускорение:
ИИ всё удешевит, роботы заменят мясных работяг на заводах, закон Мура сработает для всех отраслей, и человечество войдёт в золотой век потребления.
Главная угроза – жадная олигархия, которая может заблокировать ввод налога на капитал. В этом случае закон Мура сработает иначе, сделав богатых богаче, а бедных – беднее.

🤖 Тиль напротив, говорит: реальный прогресс замедлился, вершина ознаменовалась атомным проектом, космическими шаттлами и телескопом Хаббл. Сейчас нигде ничего нового не появляется, кроме как в IT. Топит за "встряску" общества, чтобы смелые идеи вернулись в список реализуемых. Главная угроза – избыточная регуляция государствами и страх негативных сценариев использования новых технологий.

🤨 Может, причина перекоса в том, что IT перетянул слишком много талантов?
График гибче, средний оклад выше, минимум бюрократии.

И главное – продукт масштабируется мгновенно. Ты написал код, он работает, ты продаешь. Сервера в аренде, производство, склад, логистика – рудименты.

А вот в “железе” всё иначе.
От лица всех инженеров говорю: наука кипит, просто вы этого не видите.
Открытия часто сводятся к тому, чтобы сделать старое в 10 раз лучше, быстрее или дешевле, поэтому особого внимания широкой публики не привлекают.
Например, пользовательский опыт при телефонном звонке почти не изменился с момента появления такой возможности, но "под капотом" вместо медных проводов и аналоговых коммутаторов – оптоволокно и интегральная фотоника. Колоссальный прогресс, который остался за кадром

Но это инновации, которые уже внедрены в нашу жизнь
А сколько ещё на подходе – прорываются сквозь листопады статей Nature, PRL, LOC...

Всё-таки, прогресс не стоит на месте – это внедрение не успевает за открытиями.

Мир тонет в новизне, но мало кто строит мосты между лабораторией и рынком

Поэтому главный слон, на котором движется плоская земля прогресса в технологическое будущее – интеграторы

Люди, видящие проблему, понимающие науку и умеющие собрать из этого продукт для конечного пользователя.

Итак, рецепт дизрапт-продукта с минимальными рисками:
1⃣ найти большую боль в растущей сфере
2⃣ найти ее решение в другой сфере, далёкой от первой – так, что люди из первой ещё не знают о его существовании
3⃣ собрать на этом продукт

😏 Вы уже поняли, почему мы здесь занимаемся нанотехнологиями для биологии и медицины?

#квантумдень сегодня измерительный (и немного холодный)!
Ищем ответы на самые сложные вопросы (Когда дадут отопление? – в их числе) в объективе стереомикроскопа в Лаборатории биоМЭМС.

Гуру сверхпрецизионных измерений Владимир возвращается в эфир! ❤️

#квантумпарк #шуховатом #quantum_pollysibyhi

Владимир Просветов – живая легенда отечественной метрологии!
Что в объективе? (только неправильные версии)

Когда перешёл в индустрию

#биокек@bionanorevolution

☯️ Бауманские инь и ян

Делимся с вами фотоподборкой наших красивых и эстетичных криостатов.

Какой вам нравится больше, ставьте реакцию:

😍 — YARANGA (черный)

🤩 — YURTA (белый)

Подробнее о бауманских разработках читайте в нашем лонгриде на Дзене.