Алоис Альцгеймер родился 14 июня 1864 года в Марктбрайте (Бавария). Учился в университетах Берлина, Тюбингена и Вюрцбурга. В 1887 году защитил докторскую диссертацию по анатомии желез слухового прохода. С 1888 года работал ассистентом в клинике нервных болезней во Франкфурте?на?Майне. Позже сотрудничал с Францем Нисслем, исследуя кору головного мозга. В 1904–1912 годах руководил анатомической лабораторией в Мюнхене. В 1906 году описал случай пациентки с быстропрогрессирующим слабоумием. Когда женщина умерла, обнаружил в мозге покойной амилоидные бляшки и нейрофибриллярные клубки.

Хотя Альцгеймер первым подробно описал клинический случай и выявил специфические патологические изменения в мозге, сам термин «болезнь Альцгеймера» ввел в научный обиход его коллега и наставник Эмиль Крепелин. В 1910 году он включил это название в очередное издание своего «Руководства по психиатрии». Алоис Альцгеймер скончался 19 декабря 1915 года от сердечной недостаточности в возрасте 51 года.