FAIRDOM-SEEK: каталоги научных данных, моделей и протоколов

FAIRDOM-SEEK — открытая платформа для описания, публикации и связывания научных активов: датасетов, моделей, SOP и вычислительных пайплайнов. Под капотом ISA-структура (investigation → study → assay), JSON API, DOI и форматы вроде RO-Crate. Сайт проекта: https://seek4science.org
Флагман сообщества — FAIRDOMHub: публичный хаб системной биологии, который ведут консорциум FAIRDOM и ELIXIR Germany. https://fairdomhub.org/

Рядом стоят специализированные инстансы того же стека:
• WorkflowHub — реестр вычислительных workflows (CWL и не только)
 https://workflowhub.eu/
• DataHub (ELIXIR Belgium) — метаданные экспериментов и брокеринг в репозитории EBI
 https://datahub.elixir-belgium.org/
• IBISBA Knowledge Hub — промышленная биотехнология
 https://hub.ibisba.eu/
• LiSyM SEEK — системы медицины печени
 https://seek.lisym.org/
• Leipzig Health Atlas — модели и клинические данные Лейпцига
 https://www.health-atlas.de/
• ArmLifeBank — биомедицинские данные Армении (геномика, клиника, мультиомика)
 https://armlifebank.am/

Отдельный пласт — Local Data Hub консорциума NFDI4Health: локальные SEEK-каталоги клиник и исследовательских центров Германии. Метаданные исследований можно публиковать в центральный Health Study Hub, а сами данные остаются у держателя.

Сейчас в этой сети, помимо Leipzig Health Atlas и MeDIZ.Rostock, открыты хабы:
• Stroke Unit Köln — https://ldh.stroke-koeln.imise.uni-leipzig.de/
 • UK Erlangen — https://ldh.uker.imise.uni-leipzig.de/
 • ZKS Leipzig — https://ldh.zks.uni-leipzig.de/
 • DZKJ Göttingen — https://ldh-dzkj.vm.gwdguser.de/
 • IMISE / Leipzig University — https://ldh.imise.uni-leipzig.de/
 • UK Schleswig-Holstein — https://ldh.uksh.imise.uni-leipzig.de/
 • UK Würzburg — https://ldh.uk-wuerzburg.imise.uni-leipzig.de/
 • DIZ Greifswald — https://ldh.diz-umg.imise.uni-leipzig.de/
 • LIR Mainz — https://ldh.lir-mainz.imise.uni-leipzig.de/
 • DRFZ Berlin — https://ldh.drfz.imise.uni-leipzig.de/
 • ZKS Freiburg — https://ldh.zks-freiburg.imise.uni-leipzig.de/
 • ZKS Hannover (MHH) — https://ldh.zks-mhh.imise.uni-leipzig.de/
 • ZKS Witten/Herdecke — https://ldh.zks-uwh.imise.uni-leipzig.de/
 • MeDIZ.Rostock — https://ldh.mediz-rostock.imise.uni-leipzig.de/

Итого: один общий движок и очень разные роли — от общеевропейского реестра workflows до клинических LDH, где публикуют не столько сырые персональные данные, сколько FAIR-метаданные исследований, протоколы и связанные файлы.

#opendata #researchdata #datasets #datacatalogs