Политковская освещала преступления во время второй чеченской войны. В февраля 2001 г. Политковская утверждала, что она нашла в расположении 45-го полка ВДВ фильтрационные лагеря для чеченцев, за что военные угрожали ей расстрелом. 10 сентября 2001 г. журналистка в статье «Люди исчезающие» обвинила милиционеров в убийствах мирных жителей. Вскоре она стала получать письма с угрозами от «Кадета» — милиционера Сергея Лапина. В марте 2005 г. суд Грозного осудил Лапина на 11 лет за избиения чеченцев, но его причастность к угрозам журналистке доказана не была.
В февраля 2002 г. во время поездки в Чечню Анна рассказала, что ФСБ хотела помешать расследованию убийств мирных жителей. В октябре 2002 г. Анна стала одной из тех, кто решился пойти в захваченный чеченскими террористами театральный центр на Дубровке.
С 2003 г. журналистка обвиняла Рамзана Кадырова и его команду в похищениях людей, вымогательстве и других преступлениях. Кадыров обещал подать в суд на нее. 2 сентября 2004 г. Анна Политковская, отправившаяся освещать захват заложников в Беслане, была госпитализирована в тяжелом состоянии. Она утверждала, что ее отравили сотрудники ФСБ и что в России возобновила работу «13-я лаборатория КГБ, занимавшаяся производством ядов». По словам Дмитрия Муратова, в мае 2006 г. секретарь совбеза Чечни предупредил его, что «Политковская ищет приключений».
Гибель Анны пришлась на тяжелый период жизни ее семьи: за неделю до этого ее маме поставили диагноз «рак», а отец, выйдя из метро, умер от инфаркта — он ехал к жене в больницу. После этого у мамы тоже случился обширный инфаркт.
За 2 дня до убийства, в эфире «Радио Свобода» Анна говорила о возросшем количестве похищений в Чечне, устраиваемых кадыровцами, а самого Рамзана Кадырова назвала «вооруженным до зубов трусом, который сидит в окружении охраны»
Сейчас на моем рабочем столе две фотографии. Я веду расследование. Это пытки в кадыровских застенках сегодня и вчера. Это люди, которые были похищены кадыровцами по совершенно непонятной причине... Фотографии, о которых я вам говорю, — это абсолютно измученные пытками тела.
Статья, которую анонсировала Политковская в эфире, должна была выйти в понедельник 9 октября. О самом Рамзане Кадырове журналистка сказала, что он должен сидеть на скамье подсудимых:
Моя личная мечта в день рождения Кадырова только об одном. Я мечтаю о том, чтобы он сидел на скамье подсудимых. И самая строгая юридическая процедура с перечислением всех преступлений, со следствием по всем его преступлениям происходила.
По делу об убийстве к длительным тюремным срокам приговорили 6 человек. Двое получили пожизненные сроки — уроженец Чечни Лом-Али Гайтукаев, которого следствие считало организатором преступления, и его племянник Рустам Махмудов. Гайтукаев в июне 2017 г. умер в колонии. Заказчик убийства не найден. В ноябре 2023 г. телеграм-канал «База» сообщил, что осужденный по делу об убийстве Политковской Сергей Хаджикурбанов досрочно освободился из колонии и уехал воевать в Украину, а позже был помилован. Хаджикурбанов был оперуполномоченным Управления по борьбе с организованной преступностью (УБОП) МВД России. По версии следствия, он организовал слежку за Политковской.