حکمت بر اساس تقسیم آن بر پایه قوای نفس، دو شاخه نظری و عملی را شامل میشود. حکما از دیرباز، بر همراه بودن تحصیل و تکمیل این دو شاخه برای تحقّق تعریف و معنای «حکمت» تأکید داشته اند. ملّاصدرا نیز همچون سایر حکما، به این همگامی تصریح و بر آن تأکید کرده است. اما حکمت عملی به لحاظ داشتن مایه های کاربردی و عملی برای تکمیل و تعالی نفس، با تزکیه نفس ملازم است. و چون غایت حکمت، تکمیل نفوس است، بنابراین، تزکیه نفس با حکمت وتعریف آن و و غایت آن ارتباط تنگاتنگی دارد. با توجه به مبانی و مطالب حکمت متعالیه، حقیقت حکمت و ارتباط آن با ایمان و تزکیه نفس ضروری است، رابطه دوسویه غایات حکمت و تزکیه نفس بپردازد اثبات می کند کند که 1. دغدغه اصلی ملّاصدرا در تعریف و «ارائه حکمت متعالیه»، کمال نفس و تزکیه آن بوده است. 2. غایات حکمت، که ملّاصدرا و دیگران از آنها به «غایت» تعبیر نموده اند، در حقیقت، غایات و نتایج عملی و هستی‌شناسی هستند، نه غایات علم شناختی و روش شناختی. 3. حکمت عامل اصلی تزکیه صحیح نفس، و تزکیه نفس نیز عامل اصلی فهم صحیح مسائل فلسفی است. 4. تزکیه نفس در شکل گیری مفهوم، تعریف، مصداق و غایات این جهانی حکمت، نقش بسیار اساسی دارد و بررسی جامع موارد وابستگی فهم مسائل حکمت بدان ضروری به نظر میرسد.