bootstrap для репозитория с flux в gitlab я выполнял так:
flux bootstrap git \
--url=ssh://git@<domain>/path/flux.git \
--branch=<branch_name> \
--path=clusters/<path_to_cluster> \
--private-key-file=<path/to/private_key>
Это когда используем ssh. Если нужно существующий перевести на использование access_token, то выполняем бутстрап заново с
force, чтобы перезаписать секрет в k8s.flux bootstrap git \
--url=https://<domain>/<path>/flux.git \
--password=<access_token> \
--username=<access_token_name> \
--token-auth=true \
--path=clusters/<path_to_cluster> \
--branch=<branch_name>
--force
Готово. Теперь flux работает по http. У токена должны быть также права на запись в репозиторий.
#fluxcd