Иногда приходится иметь дело с whitebox проектами, когда исходный код полностью доступен. И все же это не повод не декомпилировать уже собранное приложение. Секрет прост - приложение состоит не только из того, кода, который написал разработчик, но также из внешних зависимостей, которые подключаются из бинарного репозитория типа maven. И смотреть итоговый алгоритм может быть сильно удобнее уже в собранном виде. Тем более компилятор часто делает оптимизации и вычисляет выражения, что тоже делает какие-то куски сильно понятнее чем они выглядят в исходном коде. Да и порой, эти зависимости добавляют новые экспортированные компоненты в итоговый манифест.

Хороший реверсер, как известно, все делает наоборот, поэтому начинать анализ whitebox-а лучше все же с декомпилированного кода.
#aht