Перепаковка приложения может быть довольно болезненной процедурой. Чтобы избежать возможных глюков после пересборки, можно воспользоваться специальными флагами apktool: -s распакует приложение, но не будет декомпилировать код, а -r распакует без декодирования ресурсов. Если нужно только убрать ssl pinning через network_security_config.xml, то нет нужды декомпилировать код. А если требуется убрать проверку на root, то ресурсы можно не декодировать.
#aht