Похоже, что последнее обновление Codex App врубило какую-то дико назойливую песочницу, которая задает кучу лишних вопросов когда не надо, да еще и с ходу не отключается.
В общем, нашел как отключить полностью.
В файле ~/.codex/config.toml нужно указать:

default_permissions = ":danger-full-access"
approval_policy = "never"

Как обычно, используем осторожно. Обязательно в связке с собственными хуками типа моих.

@ai_driven