Часто слышу мнение в стиле "неймспейс это тоже часть имени класса. Используйте его"

И, как правило, это выливается в такие классы как App\Controllers\User, App\Models\User, App\Resources\User.

Не надо так.

Upd: Люди потребовали деталей. Надо примерно так: UserController, UserResource. Вообще, по логике и UserModel надо бы, но один ключевой тип классов можно выделить как основной и суффиксы там не добавлять.