#методичка

Повторяй за мной: Же ма пель! — Ми пу пу!

Привет, коллега!

Помнишь, я обещала написать про источники невоспроизводимости результатов, помимо собственно фальсификации в том или ином виде? Так вот держи список таких причин по версии Nature (я взяла не всё оттуда, так что рекомендую прочитать статью отдельно) и меня.

🔵Неполное описание методик. Конечно, в статье нельзя указать вообще все детали и нюансы эксперимента, которые добросовестный исследователь вносит в свой лабораторный журнал и тем более нельзя указать те, что по каким-то причинам посчитали неважными. Например, я как-то не могла повторить свою же методику выделения тучных клеток в новой лаборатории. Через месяц расследования выяснилось, что это потому что там была центрифуга с другим ротором и другие автоматические пипетки с менее плавным ходом.

🔵Работа оборудования. В производственной практике требуется обязательная поверка оборудования, однако в лабораториях за этим не особо следят. Вот как часто в твоей лабе калибруют пипетки? А весы? Хроматографы? И, конечно, все эти погрешности могут также влиять на финальный результат. Тут капнул больше, тут меньше и оп-ля, значимые различия 🥳. А если не делать несколько независимых экспериментов, то вероятность обнаружить этот косяк стремится к нулю.

🔵Малые выборки. В большинстве экспериментальных работ в области биомедицины размер выборок редко перебирается за 20 единиц, особенно касательно экспериментов на животных. Учитывая гетерогенность генеральной совокупности, скорее всего эта выборка слишком мала, чтобы быть репрезентативной. А значит, что другая такая же выборка может обладать вообще другими свойствами. Что кстати можно хорошо оценить, если делать несколько независимых экспериментов.

🔵Нестандартизованные клеточные линии и штаммы. Клеточные линии, как правило, у каждой лабы свои и пассируются примерно бесконечное количество раз, накапливая мутации и становясь всё более и более различающимися. Также они могут быть заражены микоплазмой, контаминированы другими типами клеток и так далее. А если линии получены из первичных культур, как, например, мезенхимальные стволовые клетки, то там один только донор вносит огромный вклад в гетерогенность, а помимо этого есть разные протоколы выделения, разные протоколы культивирования и так далее. Лично я столкнулась с тем, что культура мышиных фибробластов 3Т3, на которой мы к счастью только отрабатывали методики, оказалась перепассированой и уже перестала быть 3Т3.

🔵Работа с большими датасетами. Я не очень большой специалист в data science или биоинформатическом анализе, но иногда за неимением большего именно такие профаны как я дорываются до больших данных 🫠. Результаты такого анализа могут быть некорректны и невоспроизводимы. Сейчас журналы просят авторов выкладывать датасеты при публикации, но часто данные не сырые, а как-то уже процессированы и нормированы. А значит где-то там могла засесть та самая ошибка/особенность обработки, определяющая невоспроизводимость результата.

🔵Человеческий фактор. Ну куда без него. Студент что-то пролил и побоялся рассказать, а потом на ПЦР вылез пик искомого гена. Плюс иногда ненамеренно допускаются разнообразные ошибки отбора и когнитивные искажения, во многом из-за политики непринятия отрицательного результата. И даже если несколько независимых экспериментов было сделано - не все могут пойти в финальную статью.

😊 Мне стало интересно воспроизвести результаты, которые я упоминала в предыдущем посте на эту тему. Так что ниже будут опросы, прошу проголосовать честно.